2月上旬，他亲往各工段查验，细心体察，咨访研求河工形势和工程质量。对于办理不力的属吏，严行纪律。一次，林则徐来到钜嘉讯，发现河工紧急之时，该汛主簿徐恂督工不认真，河床被挖得东深西浅，这样日久会发生淤积，致使河身变窄，他“力振因循，破除情面 ”，遂将徐恂摘去顶戴，并视督补情况，决定去留。
2月下旬，林则徐前往河南东部黄河两岸，挨次查验河防各厅的料垛， 细心拆验，“周历履勘，总于每垛夹档之中逐一穿行，量其高宽丈尺，相其新旧虚实，有松即抽，有疑即拆，按束以称斤，无一垛不量，亦无一厅不拆 ”。在兰仪厅蔡家楼，他发现垛底有潮湿之料，立即将该厅同知于卿保撤任，并要他赔补损失。
3月8日，林则徐正在上南厅查验，忽接禀报，虚城上讯十六堡底厂存秸56垛失火被烧，立即下令商虞厅补齐秸垛，不得烧多补少，或借察浮销，并于20日赶到现场视察，处分了监宋的委员、兵丁。
在查验黄河两岸河务的过程中，林则徐即留意钻研治理黄河的办法，初步形成改黄河由千乘即利津河入海。
林则徐严守职责，多次受到道光帝的眷顾，称他办事得力，“向来河工查验料垛，从未有如此认真者”，又说 ：“动则如此勤劳，弊自绝矣。作官皆当如是，何工尤当如是。吁!若是者鲜矣 ”。道光帝这样的隆宠，在当时的臣僚中是不多见的，林则徐感激涕零，决心做清廷的良臣廉吏。
1832年3月24日，林则徐在河南归河厅查验料垛之际，接到补授江苏巡抚的谕令。他的心情矛盾交织，既高兴，“知荷圣慈体恤，俾得离去河干 ”，又担忧，“三吴事会之难， 甲于直省，才轻任巨 ”。但在江苏任过按察使、布政使，地方上的水旱频仍，经济残破，官场腐败，民生凋敝，深深印在他的脑海中，因此，他对于担任巡抚一职，忧心忡忡。传说林则徐每每听到贪赃枉法之事，经常要大发脾气。到职后，为了克制自己的卞急性格，曾手书“制怒”两字，悬于听事之堂。
林则徐自河南入苏北，耳闻目睹饥馑瘟疫造成的凄凉情景，正思索着如何收拾这个残局时，意想不到又出现一起英国人胡夏米驾船窜泊江南羊山洋的事件，他不得不把它当作到任的第一件大事加以紧急处理。
胡夏米是广东英国鸦片贩子对华航线船舶投资人兼英国国内货物经销商人的化名，此次于2月26日从澳门出发， 北上侦察中国沿海港口虚实， 为打开中国大门窃取情报。胡夏米的侦察航行是在东印度公司对华贸易专制遭到越来越大的国内压力的背景下进行的， 它无疑是英国大举侵华的一个前奏。 清朝君臣防范、驱逐胡夏米船，是从传统的排外政策为出发点的，实际上他们对外国资本主义和资产阶级根本缺乏了解。所以，沿海地方官吏除严厉防范胡夏米等人贩卖商品和与内地民人接触这两件事后，其余却毫不介意。英国侵略者正是巧妙地利用了这一点，顺利地实现了预期的侦察目的。
7月初，林则徐南下途经镇江时，得到胡夏米船在吴淞口外寄碇的消息，立即将其驱逐出境，胡夏米假意南返，半途折回，北上山东沿海，于15日出现在刘公岛海面。林则徐对胡的真实意图当然也毫无所知，当道光帝追究胡船复驶山东的缘由时，他无法做出正确答复，但向道光帝报告，如胡再次来苏，即密派文武大员上船查个究竟，“如有鸦片烟土等物， 饬令尽数起除 ”。可是胡船终究没去江苏，林则徐也就不可能揭开胡船事件的秘密了。
林则徐上任不久，江南一带晴空万里，酷暑逼人，大地龟裂。可是，江北一带却因洪泽湖水盛涨，村庄田禾被淹，徐州府属各州县滂沱大雨，黄河异涨，酿成水灾。9月15日，桃源县陈端等土豪劣绅，却纠合多人盗决大堤，引黄灌地，酿致淮扬一带一片汪洋。警报传来，林则徐立即于10月2日赶到扬州，沿途查勘水势，9日赶到清江浦，一面视察黄河决口处和湖水出路，一面严讯挖堤要犯。奸民盗决南河的消息传到北京，道光帝火速饬令林则徐限期捕获全案罪犯、人证。但由于首犯陈端逾限追捕无获，林则徐受到降五级留任的处分。
林则徐一返回住所，立即着手处理焦头烂额的钱漕事务。江苏的漕务比他省繁重得多，弄得他“寝不能寐，饭仅一盂 ”，“精力日以消沮，心绪日以恶劳 ”。林则徐竭力筹办新漕，严厉处分办漕迟误的震泽知县张享衢，总算做出了成绩，在江苏秋收仅六成的情况下，苏、松等四府一州征兑了新漕，还带运1831年水灾欠下的漕米20万石，“为历来所未有之多”。林则徐以报国忧民之心，在江苏巡抚任内，躬亲任事，和两江总督、漕运总督等反复函商，剔除弊端，立定章程，限制州县浮收和旗丁勒索，且规定闸坝人夫用费，派精干官员验漕督运，以保证漕运畅通无阻。
处理灾区善后是林则徐面临的又一大务。他心绪纷乱地度过1832年，迎来的却是更加艰难的饥岁凶年。1833年夏秋之际，江、扬、淮、徐一带雨水滂沱，十分之七八的府县被江水淹没，江南四州县到10月至12月间，也连遭风雨，田禾霉烂生芽，收成无望。接二连三的天灾，使“闾阎生计日蹙，朝夕不饱 ”，农民“口食无资 ”，纺织为生者也因“连岁棉荒歇业，生计维艰 ”，而农村的长工、短工和城镇的踹匠、染匠、机工等“任筋力者，遂无可趁之工”，扶老携幼，到处流浪。 地主也陷入“未得收租”、高利贷“无可牟之利”的窘境。
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