黄帝与蚩尤九战九不胜。黄帝归于太山，三日三夜，雾冥。有一妇人，人首鸟形，黄帝稽首再拜伏不敢起，妇人曰：‘吾玄女也，子欲何问?’黄帝曰：‘小子欲万战胜’。遂得战法焉。又《玄女兵法》中也说：“黄帝攻蚩尤，三年城不下……”“九战九不胜”、“三年城不下”，可见蚩尤是很强大的对手，其力量与黄帝不相上下，黄帝只有求女神帮助才取得了胜利。从此次战争的记载可以看到蚩尤的神的形象，他不仅“兽身人语，铜头铁额”、“人身牛蹄，四目六手”，而且可以“靖风伯雨师大风雨”，还可以“作大雾，弥三日”，使黄帝令风后做指南车才战胜了他。可见，不仅蚩尤有神性，黄帝也有神力，可给风后等神下命令。
今天河北冀州有乐名“蚩尤戏”，其民两两三三，头戴牛角而相抵。太原村落间，祭蚩尤神，不用牛头。今冀州有蚩尤川，即涿鹿之野。汉武时，太原有蚩尤神昼见，黾足蛇首;主掌疫病，其俗遂立为祠。这说明在大战的涿鹿，冀州人长久的祭祀蚩尤神，其它地方如太原、朝鲜也祭蚩尤神。黄帝的形象也是如此，他们不只是历史人物，而且也是古史中的具有神的特征的形象。这也表明，人神同在的时期一直持续到了五帝时期仍未断绝。
黄帝大败蚩尤，并杀死了蚩尤后，炎黄两部落又发生了战争。起因是炎帝想进攻其他部落，从而导致其他部落都来归从黄帝。于是轩辕修行德业，整顿军旅，研究四时节气变化，种植五谷，安抚民众，丈量四方的土地，训练各种猛兽，跟炎帝在阪泉的郊野交战，先后打了几仗，才征服炎帝，取得了胜利。从此，中原各部落皆尊黄帝为天下共主，即天子，取代了神农氏。天子的意义就是上天的爱子，赋天命行天道于人世。所以实际上，黄帝成为中国历史首位以武力、以兵征天下的形式臣服诸侯、统一了华夏族的帝王。《史记》称，黄帝做天子有土这种属性的祥瑞征兆，土色黄，所以号称黄帝。而炎、黄等部落在黄帝的领导下融合成华夏民族。故中华民族自承为“黄帝后裔”，又因炎、黄两部落融合成华夏民族，故也称为“炎黄子孙”。
黄帝成为天下共主后，逐渐平定了天下。他往东到过东海，登上了丸山和泰山;往西到过空桐，登上了鸡头山;往南到过长江，登上了熊山、湘山;往北驱逐了荤粥(xūn yù，熏玉)部族，并在逐鹿山的山脚下建起了都邑。
黄帝接着又立百官，制典章，举贤能，封禅祭天，大治天下。黄帝所封官职都用云来命名，军队号称云师。他设置了左右大监，由他们督察各部落。他还常常祭祀鬼神山川，次数为自古以来最多。他还任用风后、力牧、常先、大鸿等贤臣治理民众。此外，黄帝顺应天地四时的规律，推测阴阳的变化，讲解生死的道理，论述存与亡的原因，按照季节播种百谷草木，驯养鸟兽蚕虫，收取土石金玉以供民用，有节度的使用水、火、木材及各种财物。
此外，黄帝还命臣民建屋室、种五谷、作衣裳、造舟车。在黄帝时代，文字、医学、算数、历法、乐器、陶器、蚕桑等各种发明相继出现。相传指南车就是黄帝发明的。因此，后世认为中华文明奠基于黄帝时代。
相传黄帝身边的一个叫仓颉的史官造了字。据说，仓颉的头上有四只眼睛，可以看见神明。他抬头可以看到奎星圜曲的形状，低头可以观察龟壳的纹理及飞禽走兽的足迹。仓颉广泛的收集世间众多美丽的图像，综合而成文字，被后人称作“上古文字”。据说仓颉造字后，“天雨粟，鬼夜哭”。天下粟，是因为仓颉造了文字，值得庆贺。那么鬼哭，则是因为有了文字，民智日开，民德日离，欺伪狡诈、争夺杀戮会由此而生，天下从此无太平日子，连鬼都不得安宁，所以鬼要哭了。
在历法上，黄帝用上天赐予的宝鼎，观测太阳的运行，用占卜用的蓍(shī，师)草推算历法，预知节气日辰。黄帝时代还发明了记日法，以记录日子的变化。《史记.五帝本记》说：“黄帝 …… 迎日推策”。“策”是一种小竹木片。迎来一次的日出，就移动一根竹木片。记日法的发明中，以天干记日法影响最为深远。所谓天干记日法，是用甲、乙、丙、丁、戊、己、庚、辛、壬、癸十个字，逐日依次用一个字来标记一天。这个方法后来和地支结合成为干支记日法，它一直延续使用到现代，成为中华文化中一个极有特色的部分。
传说中国数学的创始者也是黄帝，最早的数学知识和数学工具都是在黄帝时代发明的。例如汉代的一本数学著作《数术记遗》中说，是黄帝发明了数的记法和用法。也有的书中说，最早的算数是黄帝时代一个叫“隶首”的人创作的。
黄帝的正妃是西陵国的女儿嫘(léi，雷)祖。嫘祖发明了养蚕，并教给人们如何利用丝茧编织衣服。据《隋书?礼仪志》记载，北周尊嫘祖“先蚕”，即始蚕之神。嫘祖和黄帝的另一位妃子嫫(mo)母一起，帮助黄帝治理天下，相传二人皆有着高贵的品德。嫘祖在和黄帝巡视天下时，病逝于途中，黄帝谥嫘祖为“祖神”。
由于黄帝的贤德，万国安定，老百姓生活富足。史籍上说，黄帝在位的一百年中，中国没有贼盗殴斗，人们谦让和睦，风调雨顺，年年丰收，甚至虎豹不伤人，鸟兽虫蛾都受他的教化影响，是个“道行天下，人间天堂”的盛世典范，因此后世尊称轩辕黄帝为人文初祖。
关于黄帝，还有着许多关于他求道的传说。司马迁在《史记》上说黄帝获宝鼎与神策，治世“顺天地之纪，幽明之占，死生之说，存亡之难”，形容黄帝懂得顺天而治，知阴阳、生死变化之理，行道天下，是个修炼得道之人。相传他得法悟道后，治理国事同时炼丹求鼎、静心修炼。公元前二五九八年，黄帝在桥山山下，铸造了一个大鼎，当铸成那一瞬间，天忽然开了，降下一黄龙迎接他。黄帝与随身的宫臣七十多人一起跨上黄龙，白日升天，圆满功成。福分不足的群臣来的太迟，只能抓住龙须，结果龙须脱落，他们也掉下来了。这时候，万民百姓亲眼仰望这神圣壮观的一幕!这些没跟上的臣子与百姓，感恩怀念之余，把黄帝遗留下来的衣服，埋葬在桥山山下，即今天陕西黄陵县的黄帝衣冠冢。
这或许就是为什么中国人对生命圆满的结束就是归天成神的原由。所以中国人对过世的祖先，也认为是另种形式的归天成神，祖先在天之灵能庇佑看护子孙，所以家家户户供奉自己祖先，同姓亲祖甚至建造祠堂共同祭祀，年节祭祀祖先，“敬天祭祖”就这样成为中华文化的一大特色。
从三皇到黄帝，我们可以看出，虽然黄帝具有一定的神力，但他不再象神话时代的三皇般，以神祗的形式降世，而是以“治世的帝王”兼“得道的修炼人”出现于世，承接着神传文化与人本文化的交接。黄帝最后的圆满回归，表明人类可以通过修炼再回归于天，人与神之间连通的唯一管道就是“修炼”，天代表神的世界，人是神造的，来自于天，回归于天，“天人合一”的观念就这样根深蒂固的深植在中国人的内心中。
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